当山は大正13年(1924年)神戸市西須磨に開祖佐々木学要上人により日蓮宗仮教会所を設立、14年4月布教場所を同市長田区若松町五丁目に借家に開設、清正公尊神を奉安して清正講を組織化して壇信徒を増やされた。昭和2年(1927年)4月に『日蓮宗海蔵教会』と認証される。
昭和16年第二世宮田慈恩上人が就任して借家の建物を買収したが、昭和39年近隣より出火で半焼した時、清正公尊神の裏で鎮火したと云われる。
昭和42年7月第三世谷口慈忍上人が就任、昭和45年宗祖七五〇年誕生記念事業として本堂増築工事、昭和52年宗祖七〇〇遠忌事業として内陣装厳整備などを行った。昭和58年借地と市条例の悪条件が重なった為、やもなく同市長田区花山町一丁目に土地を購入し本堂兼庫裡を新築移転、昭和60年11月15日に法華山妙覚寺と寺号公称を受ける。
平成7年1月17日阪神・淡路大震災で半壊するも宗門の義援金より補修する。平成10年4月宗祖開宗七五〇年慶讃記念事業として寄附を募り土地増築工事を行った。
平成15年4月27日に現住職第四世谷口文良は法燈継承。寺門の繁栄と壇信徒の教化に励んでいる。
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